A pesar de que MySQL es la base de datos libre más popular (con permiso de PostgreSQL) muchas de las herramientas que existen para gestionar sus bases de datos son de pago, como por ejemplo SQLYog, SQL Studio for MySQL o SQL-Front.

Aunque la mayoría de gente utiliza phpMyAdmin para gestionar sus bases de datos MySQL una herramienta también interesante, de la mano de la propia gente de MySQL y también publicado con licencia libre es MySQL Query Browser, una sencilla herramienta con la que podrás ejecutar scripts SQL, consultas rápidas y gestionar las bases de datos creando nuevas tablas, editándolas y otras muchas opciones que encontramos en este tipo de programas.

Otra aplicación también interesante y que complementa a MySQL Query Browser es el MySQL Administrator, que nos permite gestionar la base de datos a nivel de servidor, incluyendo la posibilidad de programar backups de la base de datos.